Statistikkspørsmål

Det er en del statistikkrever her, ja?

La si jeg har en kurve som ser ut ca som den vedlagt.

Jeg er usikker på hva slags statistikk jeg skal kjøre her. Det er helt klart en synkende trend, men den er ikke lineær, så lineær regresjon er vel ikke tingen. Det er snakk om celler, som høstes på de respektive dager, så punktene er på den måten uavhengige (men dette er jo en tidskurve, så de er ikke uavhengige). Det er fristende å ta en dag i starten og en dag mot slutten og kjøre t-test, men det er vel ikke så lurt. Hva med ANOVA?

Du tenker å vise at konsentrasjonen av protein A har gått ned, eller tenker du å vise avhengigheten av tiden?

Uansett, du kan godt bruke student t på første og siste eller ANOVA, som du sikkert vet så er det bare student-t mellom flere populasjoner. Men datapunktene dine, de oppfyller kravene til student-t/ANOVA? At konsentrasjonsverdiene som er oppgitt er means og at det er normalfordelt og slikt, og at variansen/presisjonen er lik? Det var litt vanskelig å se ut fra grafen.

Om du ikke kan anta at de er normalfordelte så kan du bruke Wilcoxon istedet, den er ikkeparametrisk og tar ingen slike forbehold.

Har du prøvd å log-transformere konsentrasjonsverdiane? Går ut frå at tilsvarande figur då ville vise tilnærma lineær samanheng mellom log(kons) og tid slik at du då kan gjere ein lineær regresjon på transformerte data. Sidan det er standard-avvik stolpar i figuren går eg ut frå at du har fleire målingar per dag og at punkta er gjennomsnittsverdiar.
Eg veit ikkje heilt korleis forsøket ditt er designa, men dersom du har mange prøver som det er gjort gjentatte målingar på over tid må du passe på at du ikkje gjer test for uavhengige målingar. Repeated measures ANOVA er eit alternativ. Eller du kan plukke første og siste tidspunkt og gjere paired t-test. IKKJE independent t-test.

Esme skrev:

Du tenker å vise at konsentrasjonen av protein A har gått ned, eller tenker du å vise avhengigheten av tiden?.

Kremt. Jeg ønsker en stjerne på figuren min. Neida... Jeg ønsker å vise at konsentrasjonen går ned.

Esme skrev:

Uansett, du kan godt bruke student t på første og siste eller ANOVA, som du sikkert vet så er det bare student-t mellom flere populasjoner. Men datapunktene dine, de oppfyller kravene til student-t/ANOVA? At konsentrasjonsverdiene som er oppgitt er means og at det er normalfordelt og slikt, og at variansen/presisjonen er lik? Det var litt vanskelig å se ut fra grafen.

Om du ikke kan anta at de er normalfordelte så kan du bruke Wilcoxon istedet, den er ikkeparametrisk og tar ingen slike forbehold.

Denne figuren har jeg bare diktet opp for å få fram poenget, jeg har en drøss slike tidskurver med diverse fasonger og med ulik spredning. Nei, jeg vet ikke at dataene er normalfordelte, det kan man sjelden vite i slike celleforsøk siden man stort sett bare har 3-5 parallelle forsøk, men jeg ser at mange bruker t-test eller anova allikevel. (Jeg har tre parallelle forsøk i alle mine figurer). Det kan hende jeg bør kjøre ikke-parametrisk, for jeg har stor spredning på flere av figurene. Er Wilcoxen flervariablevarianten av Mann-Whitney?

Simone skrev:

Har du prøvd å log-transformere konsentrasjonsverdiane? Går ut frå at tilsvarande figur då ville vise tilnærma lineær samanheng mellom log(kons) og tid slik at du då kan gjere ein lineær regresjon på transformerte data. Sidan det er standard-avvik stolpar i figuren går eg ut frå at du har fleire målingar per dag og at punkta er gjennomsnittsverdiar..

Tre parallelle forsøk ja. Som jeg skrev i forrige innlegg har jeg flere slike figurer, hvorav noen har ca denne fasongen og noen er mer lineære av seg. Å log-transformere for så å kjøre lineær regresjon var en god idé, det skal jeg prøve.

Simone skrev:

Eg veit ikkje heilt korleis forsøket ditt er designa, men dersom du har mange prøver som det er gjort gjentatte målingar på over tid må du passe på at du ikkje gjer test for uavhengige målingar. Repeated measures ANOVA er eit alternativ. Eller du kan plukke første og siste tidspunkt og gjere paired t-test. IKKJE independent t-test.

Nei, det er ikke de samme prøvene/cellene det er gjort gjentatte målinger på. Hver dag var det nye celler som ble høstet. Så da er vel ikke repeated measures ANOVA et alternativ, ikke sant? Ei heller paired t-test?

Kor er cellene høsta frå då? Totalt forskjellige kilder kvar dag?
Dersom du er heilt sikker på at cellene er totalt uavhengige av kvarandre treng du ikkje bruke repeated measures, men dersom cellene er frå samme individ/ samme celle kultur meiner eg absolutt at du bør bruke repeated measures ANOVA eller para t-test.

Simone skrev:

Kor er cellene høsta frå då? Totalt forskjellige kilder kvar dag?
Dersom du er heilt sikker på at cellene er totalt uavhengige av kvarandre treng du ikkje bruke repeated measures, men dersom cellene er frå samme individ/ samme celle kultur meiner eg absolutt at du bør bruke repeated measures ANOVA eller para t-test.

De er fra samme person opprinnelig ja, så totalt uavhengige av hverandre er de ikke (men de er så uavhengige som celleforsøk fra samme donor kan bli, ved at forsøkene er gjort til forskjellig tid, ulik passasje) osv. Ok, da kjører jeg paret t-test, og Wilcoxen.

Tusen takk for god hjelp, Simone og Esme!